معاونت تحقیقات علمی پوهنتون بدخشان و ساختار آن:
- آمریت تحقیقات علمی؛
 - آمریت مجلهی علمی؛
 - آمریت کتابخانه؛
 - مدیریت عمومی مجلهی علمی؛
 - مدیریت تصحیح متون؛
 - مدیریت عمومی دیزاین مجلهی علمی؛
 - مدیریت نشریهی مجلهی علمی؛
 - مدیریت عمومی تحقیقات علمی؛
 - کارشناس علوم اجتماعی؛
 - کارشناس علوم طبیعی؛
 - مدیریت اجرائیه؛
 
وظایف و اختیارات معاون تحقیقات علمی:
هدف وظیفه
رهبری و مدیریت امور تحقیقات علمی، فراهمآوری تمام تسهیلهای ممکن تحقیقاتی و مشوره برای محققان جهت اجرای تحقیقات علمی بروز و کارآمد.
وظایف تخصصی
- ریاست از بورد تحقیقات علمی پوهنتون و فراهمآوری سهولتهای لازم به اعضای بورد علمی جهت اجرای تحقیقات علمی موثر،
 
- تأمین ارتباطات و جذب همکاری سایر نهادهای تحقیقی داخلی و خارجی ذیربط، راجع به موضوعات تحقیقاتی،
 
- ایجاد و مدیریت ژورنال بینالمللی ملی و بینالمللی در رشتههای موجود پوهنتون جهت نشر اثرهای تحقیقی استادان و محصلان،
 
- تدویر کنفرانسهای علمی- تحقیقی ملی و بینالمللی و نظارت از آنها،
 
- ارایهی مشورههای لازم و فراهمساری شرایط تحقیقی به اعضای علمی، محصلان و پژوهندهگان به منظور اجرای تحقیقات و بهبود کیفیت فرایند تدریس،
 
- کنترول و نظارت از برنامههای کمیتههای تحقیقی، نشراتی و برگزاری کنفرانسهای ماهوار به ژورنالکلب جهت ارایهی اطلاعات و کشفیات جدید،
 
- کنترول و نظارت از برنامههای تحقیقی پوهنتون از نظر حقوقی و مسلکی بادرنظرداشت رهنمودهای موجود،
 
- نظارت از تطبیق قوانین، مقررهها، لوایح و مصوبههای شورای علمی پوهنتون به منظور برآورده شدن اهداف مربوط به تحقیقات علمی،
 
وظایف مدیریتی
- تهیه و ترتیب پلان کاری ماهوار، ربعوار و سالانه در مطابقت با پلان استراتیژیک، جهت بدست آوردن اهداف تعین شده اداره،
 
- انتقال مهارتهای مسلکی به شیوهی تدویر ورکشاپها، سیمینارها و آموزشهای جریان کار به کارکنان زیر اثر،
 
- مدیرت، ارزیابی اجراات، تعیین نیازهای آموزشی و ارتقای ظرفیت کارکنان و بخشهای زیر اثر،
 
- ارایهی گزارش ماهوار، ربعوار، سالانه و هنگام ضرورت از فعالیتها و دستآوردهای بخش مربوطه به منظور آگاه ساختن رهبری اداره و
 
- اجرای سایر وظایف که از طرف مقامهای ذیصلاح مطابق قوانین، مقررهها و اهداف اداره سپرده میشود.
 
وظایف هماهنگی
- هماهنگی با تمام ادارههای ذیربط در امور محوله.