معاونت امور علمی پوهنتون بدخشان دارای بخش‌های ذیل می باشد:
- آمریت امور استادان؛
- آمریت ارتقای کیفیت و اعتباردهی؛
- مرکز آموزش‌های مسلکی PDC ) )؛
- آمریت مجله و تحقیقات علمی؛
وظایف و اختیارات معاون امور علمی:
- اجرای وظایف رئیس پوهنتون در غیاب او؛
- همکاری با رئیس پوهنتون در امور و فعالیت‌های اکادمیک؛
- اجراآت قانونی پیرامون تقرر، تثبیت رتبه‌ی علمی، ترفیع علمی و انفکاک اعضای کادر علمی؛
- اجراآت اصولی و اکادمیک، دررابطه به استخدام کادرهای علمی قراردادی طبق نیازمندی پوهنحی‌ها؛
- سازماندهی طرح و مراقبت از تطبیق پلان‌ها و برنامه‌های تحصیلات عالی در پوهنتون؛
- طرح و تطبیق پلان‌ها و برنامه‌های تحقیقات علمی در پوهنتون؛
- رهبری و نظارت از امور تحقیقات علمی در پوهنتون؛
- رهبری و نظارت از امور نشراتی پوهنتون؛
- طرح پلان کاری شورای علمی پوهنتون و ارائه‌ی آن در اولین جلسه‌ی شورای علمی در آغاز هر سال به منظور تصویب و تطبیق؛
- ترتیب آجندای جلسات شورای علمی پوهنتون و ثبت فیصله‌های شورای علمی؛
- تکثیر و توزیع فیصله‌ها و تصامیم شورای علمی پوهنتون به مراجع ذی‌ربط جهت اجراآت؛
- بررسی و ارزیابی مقرره‌ها، لایحه‌ها و طرزالعمل‌های مربوط به بخش اکادمیک پوهنتون و در صورت ضرورت ارائه‌ی طرح تعدیل و پیشنهاد آن به مراجع بالا؛
- نظارت و بررسی از امور کتاب‌خانه‌ها، بخش‌های تکنالوژی معلوماتی و اجراآت لازم در مورد تکمیل و تجهیز آن‌ها،
- ریاست از کمیته‌های مربوطه؛
- تسهیل و نظارت از طرح تشکیل اکادمیک در پوهنتون؛
- نظارت از امور و فعالیت‌های دفترهای مربوط به معاونت علمی؛
- ارزیابی نصاب درسی و طرح پیشنهادها جهت عیار نمودن آن با نیازمندی‌های زمان و معیارهای بین المللی؛
- نظارت از انکشاف، بازنگری و تطبیق نصاب درسی در پوهنحی‌ها؛
- ارائه‌ی گزارش از اجراآت و فعالیت‌های سالانه‌ی معاونت علمی به ریاست و شورای علمی؛
- نظارت از طبیق و اجرای تصامیم شورای تحصیلات عالی در بخش اکادمیک؛
- فراهم نمودن امکانات لازم برای اجرای کارهای عملی- ساحوی دانشجویان؛
- تهیه و ترتیب آمار و احصائیه‌های مربوط به اعضای کادر علمی و سایر موارد اکادمیک؛
- تسهیل و همکاری در ساختن پلان راهبردی پوهنتون؛
- سایر وظایفی که مطابق قانون به معاون امور علمی تعلق می‌گیرند.
شورای علمی دانشگاه بدخشان:
شورای علمی، عالی‌ترین مرجع تصمیم‌گیری در سطح دانشگاه است. این شورا ماه یک‌بار به‌ریاست رئیس عمومی دانشگاه، با اشتراک معاونان، رؤسای دانشکده‌ها و سایر اعضا برگزار می‌شود. اعضای شورای علمی هر 3 سال بعد از میان استادان بلندرتبه‌ی دانشکده‌ها، انتخاب می‌شوند.
شورای علمی دانشگاه بدخشان، وظایف ذیل را انجام می‌دهد:
- طرح پالیسی تحصیلات و تحقیقات علمی در مؤسسه و پیشنهاد آن به‌مراجع ذی‌صلاح؛
- ارزیابی و تثبیت نصاب درسی؛
- ارزیابی پلان‌های تحقیقاتی و ارائه‌ی رهنمود جهت تکمیل و تطبیق آن در مؤسسه؛
- پیشنهاد طرح یا تعدیل اسناد تقنینی مربوط؛
- پیش‌بینی و طرح پلان‌ها و برنامه‌های کوتاه‌مدت و درازمدت انکشافی؛
- مطالعه و پیشنهاد تأسیس، توسعه، ادغام یا انحلال دانشکده‌ها، دیپارتمنت‌ها و سایر نهادهای مربوط مؤسسه؛
- پیشنهاد عقد، تعدیل، تمدید و فسخ قراردادهای علمی، فرهنگی، تخنیکی و توامیت‌ها؛
- مطالعه، طرح و تقدیم پیشنهاد مبنی بر دایر نمودن برنامه‌های علمی بالاتر از لیسانس و برنامه‌های ارتقای سویه و تخصصی؛
- تصویب پیشنهادات مربوط به تقرر، انفکاک و تقاعد اعضای کادر علمی؛
- تثبیت رتبه‌ی علمی اعضای کادر علمی به اساس درجه‌ی تحصیلی و معیارهای اکادمیک؛
- ارزیابی و تصمیم‌گیری پیرامون ترفیع علمی و ارتقای سویه‌ی علمی اعضای کادر علمی؛
- ارزیابی و تصمیم‌گیری در باره‌ی فعالیت اکادمیک دانشکده؛
- ارزیابی فعالیت کاری و اجرایی معاونت‌های مؤسسه و نهادهای مربوط به آن‌ها؛
- تصویب تقویم اکادمیک مؤسسه؛
- تصویب اعطای دیپلوم‌های افتخاری مؤسسه در حدود صلاحیت‌های اکادمیک؛
- ایجاد کمیته‌ها و تفویض برخی از صلاحیت‌ها به آن‌ها؛
- تأیید نامزد معاون علمی؛
- سایر صلاحیت‌ها و وظایفی که توسط اسناد تقنینی دیگر به‌این شورا سپرده می‌شود.
تصویر از جریان جلسه‌ی نوبتی شورای علمی