معاونت امور محصلان پوهنتون بدخشان، بخش‌های ذیل را در چوکات خود دارد:
- آمریت امور محصلان؛
- مدیریت عمومی فارغان؛
- مدیریت عمومی ورزشی؛
- مدیریت عمومی روانشناسی ذکور؛
- مدیریت عمومی رواشناسی اناث؛
- مدیریت ثبت و راجستر محصلان؛
- مدیریت اجراییه.
معاونت امور محصلان پوهنتون بدخشان در پرتو لوایح، مقررات، طرزالعمل‌ها و هدایات مقام محترم وزارت تحصیلات عالی و درمطابقت به لایحه‌ی وظایف، بخش امور محصلان این نهاد علمی را در هماهنگی با بخش‌های مربوط و ریاست پوهنتون به اساس پلان وپالیسی و با توجه به برنامه‌های تضمین کیفیت، به صورت منظم به پیش می‌‌برد. بنابراین یک سلسله اجراآت این معاونت قرار ذیل است:
ثبت نام محصلان به صورت آنلاین (Online Students Registration)
در سطح پوهنتون بدخشان کمیته‌ی آموزش الکترونیک (E learning) فعالیت دارد. در جریان شیوع ویروس کرونا در کشور که درب پوهنتون‌ها برای محصلان بسته بود، تمام استادان این نهاد علمی از طریق برنامه‌های گوگل کروم، زوم، واتساپ و.... تدریس محصلان را به صورت غیر حضوری و از طریق آموزش الکترونیک به پیش می‌بردند و کدام سکتگی در روند تدریس محصلان پوهنتون بدخشان رونما نگردیده است. همچنان در ختم هر هفته، گزارش برنامه‌های آموزش الکترونیک در این نهاد علمی، به صورت رسمی، به مقام محترم وزارت تحصیلات عالی فرستاده می‌شد.