معاونت امور محصلان پوهنتون بدخشان، بخش‌های ذیل را در چوکات خود دارد:
- آمریت امور محصلان؛
- مدیریت عمومی فارغان؛
- مدیریت عمومی ورزشی؛
- مدیریت عمومی روانشناسی ذکور؛
- مدیریت عمومی رواشناسی اناث؛
- مدیریت ثبت و راجستر محصلان؛
- مدیریت اجراییه.
معاونت امور محصلان پوهنتون بدخشان در پرتو لوایح، مقررات، طرزالعمل‌ها و هدایات مقام محترم وزارت تحصیلات عالی و درمطابقت به لایحه‌ی وظایف، بخش امور محصلان این نهاد علمی را در هماهنگی با بخش‌های مربوط و ریاست پوهنتون به اساس پلان وپالیسی و با توجه به برنامه‌های تضمین کیفیت، به صورت منظم به پیش می‌‌برد. بنابراین یک سلسله اجراآت این معاونت قرار ذیل است:
ثبت نام محصلان به صورت آنلاین (Online Students Registration)
در سطح پوهنتون بدخشان کمیته‌ی آموزش الکترونیک (E learning) فعالیت دارد. در جریان شیوع ویروس کرونا در کشور که درب پوهنتون‌ها برای محصلان بسته بود، تمام استادان این نهاد علمی از طریق برنامه‌های گوگل کروم، زوم، واتساپ و.... تدریس محصلان را به صورت غیر حضوری و از طریق آموزش الکترونیک به پیش می‌بردند و کدام سکتگی در روند تدریس محصلان پوهنتون بدخشان رونما نگردیده است. همچنان در ختم هر هفته، گزارش برنامه‌های آموزش الکترونیک در این نهاد علمی، به صورت رسمی، به مقام محترم وزارت تحصیلات عالی فرستاده می‌شد.
مرکز مشاوره برای محصلان
در چوکات معاونت امور محصلان پوهنتون بدخشان، دو بست 4 زیر نام مدیر عمومی روانشناسی برای ذکور و اناث موجود بوده که اشخاص مسوول در این بست‌ها مطابق لایحه‌ی وظایف، در تمام پوهنحی‌های این نهاد علمی، کمیته‌هایی را با عضویت محصلان تشکیل داده و بعد از تشخیص و شناسایی محصلان که مشکل روانی دارند، مشوره‌های لازم را به آنان ارایه می‌کنند.
برنامه‌های ورزشی برای محصلان
همچنان در چوکات معاونت امور محصلان، یک‌بست رتبه چهارم تحت عنوان مدیریت عمومی ورزشی نیز موجود می باشد که مسوول این بخش برنامه‌های مختلف ورزشی مانند: والیبال، فوتبال، فوتسال، پهلوانی و... را در میان دانشجویان تمام پوهنحی‌ها راه اندازی نموده و مسابقات دوستانه را برگزار می‌کند. قابل یاددهانی است که در مسابقات والیبال سمستر بهاری سال (1401) میان تیم‌های والیبال عموم پوهنحی‌ها، تیم والیبال پوهنحی حقوق وعلوم سیاسی نایب قهرمان و تیم والیبال پوهنحی زراعت قهرمان مسابقات این دوره شناخته شده اند که کپ قهرمانی توسط هیات رهبری پوهنتون برایشان تسلیم داده شد.
خدمات برای فارغ‌التحصیلان
سالانه بیشتر از 1200 تن دانشجو اعم از پسران و دختران، به سویه‌ی لیسانس از بخش‌های مختلف دانشگاه بدخشان فارغ شده و به جامعه افغانستان تقدیم می شوند.
معاونت امور محصلان دانشگاه بدخشان با درنظرداشت لوایح و طرزالعمل‌های موسسات تحصیلات عالی، همزمان با فارغ شدن فارغ‌التحصیلان و به منظور سهولت، اسناد ایشان را به موقع طی مراحل نموده و شهرت فارغان پوهنحی‌های فارغ‌ده را به ریاست محترم امور محصلان دولتی وزارت محترم تحصیلات عالی ارسال می‌کند که خوشبختانه شهرت فارغان سال 1400 این نهاد علمی، قبل از تمام پوهنتون‌های کشور به مقام محترم وزارت تحصیلات عالی ارسال شده و توزیع دیپلوم و ترانسکریپت نمرات برای فارغ‌التحصیلان جریان دارد.
وظایف و صلاحیت‌های معاون امور محصلان:
- همکاری با رئیس دانشگاه در بخش امور دانشجویان و ارائه‌ی مشوره برای بهبود امور آنان؛
- نظارت و رهبری و انجام فعالیت‌ها در امور نهادهای مربوط به معاونت امور دانشجویان؛
- اتخاذ تدابیر ضروری برای بهبود وضعیت درسی دانشکده‌ها؛
- ارزیابی و بررسی مقرره‌ها، لایحه‌ها و طرزالعمل‌های مربوط به دانشجویان و در صورت ضرورت تهیه‌ی طرح تعدیل و پیشنهاد آن به مرجع بالایی؛
- نظارات از امتحانات در وقت پیش‌بینی شده در لایحه‌ی امتحانات؛
- طرح تقویم اکادمیک سالانه‌ی دانشگاه و ارسال به‌موقع آن غرض تصویب به شورای علمی مؤسسه؛
- اجراآت لازم پیرامون پذیرش دانشجویان جدیدالشمول، ثبت نتایج دانشجویان، تأجیل، تثبیت محرومان امتحان و انفکاک دانشجویان غایب و ناکام مطابق به معیارهای پذیرفته شده؛
- طرح و عملی نمودن اقدامات لازم جهت فراهم ساختن مصروفیت‌های سالم خارج صنف برای دانشجویان از جمله ورزش، فعالیت‌های هنری، آموزش اجتماعی و عام‌المنفعه به همکاری معاون مالی و اداری؛
- تکمیل آمار و احصائیه‌ی مربوط به دانشجویان؛
- فراهم‌نمودن امکانات لازم برای اجرای کارهای عملی و ساحوی دانشجویان؛
- ریاست از کمیته‌های مربوطه؛
- اجراآت ضروری در مورد صدور و تکمیل دیپلوم‌ها، تصدیق‌نامه‌های تحصیلی و ترانسکریپت دانشجویان؛
- تهیه و توزیع کارت هویت به دانشجویان و جمع‌آوری پس از فراغت از آن‌ها؛
- طرح و تعدیل لایحه‌ی نظم و دسپلین؛
- ارائه‌ی گزارش از فعالیت‌های سالانه به ریاست و شورای علمی دانشگاه،
- سازمان‌دهی و نظارت از اجرای فیصله‌های شورای علمی دانشگاه در بخش دانشجویان؛
- سایر وظایفی که طبق قوانین و اصول جاری دانشگاه به او تفویض می‌شوند.